Le mieux est quand même l'utilisation d'un fond vert, (Un peu comme le vert du forum), car aucun risque de voir des "pixels" verts sur la peau de l'acteur, et sur ses fringues.
AE est un très bon logiciel. Je fais quelques films (Pas d'animation malheureusement, pas assez douée pour ça), et je me sers d'AE pour les effets spéciaux.
Pour ce qui est des plug-ins, il ne me semble pas qu'il y en ait un quelconque gratuit. Tout est payant. Je pense qu'AE est suffisant, mais pour faire des effets plus lumineux, le petit plus que j'utilise, c'est les plug-ins de Trapcode (trapcode.com, y'a les versions d'essai), il y a ainsi le plug-in particular, qui est une version améliorée de celui qui se trouve par défaut sur AE (Pour créer des nuages, de la fumée, de la neige, du sang, etc.), le plug-in shine qui illumine encore plus nos effets, etc.
Bref, pour du gratuit, à moins d'un téléchargement illégal, c'est pas pour tout de suite !

Pas d'idée pour le moment.