Salut.
Si je comprend bien tu veux faire ton anim du mannequin en bois, puis lui ajouter une enveloppe de pate à modeler en post production, un peu comme de la rotoscopie ou de la motion capture 3d ?
Je pense que tu te compliques énormément la tâche

car ce genre de procédé est complexe, et aucun logiciel ne te permettra de le faire simplement. En plus il n'est pas très adapté à la stopmo.
Pourquoi ne recouvres tu pas directement ton mannequin/squelette de pate à modeler pour le filmer, ou mieux (car ce genre de mannequin ne s'anime pas très bien) un personnage en pate a modeler avec une armature/squelette en fil d'alu à l'interieur ?